科学与宗教，在习惯上，人们看作不同的领域，认为两者之间是矛盾对立的。《超时空接触》这部影片，最核心的主题就是通过女主角艾莉代表的科学和男主角帕默代表的宗教，深刻探讨了两者之间的关系。影片最后通过男主角所说：“我们的目标是一致的——追求真理”，向观众给出了两者统一的答案。
现代世界的人们往往认为历史上宗教是毁坏科学、迫害科学家的，却很少了解宗教与科学之间的“亲密之旅”。哥白尼提出日心说时，我们说他是因为“害怕宗教迫害”而迟迟不敢发表，这其实是从现代人的视角观察的。若是代入到那个时代，如果我们想象自己是哥白尼，恐怕我们会因为自己提出的理论与从小接受的教育(地心说自古希腊毕达哥拉斯学派始由来已久)不一致而产生怀疑和矛盾，因此慎于发表自己的结论。而第古为了适应当时的宗教环境，对天体运行理论做了便于接受的修改。科学界的大拿，牛顿、爱因斯坦，为了探索“第一推动”的奥秘，对宗教神学也颇有研究。而宗教界的人士，利玛窦、汤若望、邓玉函、罗雅谷等人，则都是在科学上颇有建树的传教士，并把大量的科学知识传播到了中国。
影片中，艾莉在飞行员选拔面试的回答中表示自己没有上帝。从狭义的观点看，确实是没有的，但从广义的观点看，她是有上帝的，她的上帝是宇宙运行的规律，她的信念是锲而不舍地追求真理。正如哲学家齐泽克的一个观点：神不只存在于基督教里，甚至不只存在于宗教里，“神”只是对某种无实体的高高在上的力量的一种称呼。如果艾莉失去的她的上帝，那么很可能就变成另外一个人了——她的导师德伦姆林——没有理想的实用派科学家，先是取消艾莉不切实际、“无异于职业自杀”的项目经费，后又在艾莉的研究取得突破性进展后横插一杠，成为飞船的首位乘客。不过实用主义还并没有什么过错，如果是更坏的，那些你能想象的品德败坏的没有信仰的科学家，那就很可怕了。科学家需要有“上帝”，正如人需要对自然存有敬畏之心，恰如爱因斯坦后悔研究了原子弹，譬如康德所说，在这个世界上，有两样东西值得我们仰望终生，一是我们头顶上璀琛的星空，二是人们心中高尚的道德律。正如阿西莫夫在《最后的问题》中所描述的，放弃“人形神”的概念，转而想象自然神的伟力，将宗教和科学完美结合，殊途同归。
以上是科学和宗教的统一性的道德观点，下面提出一个实证观点。科学上，习惯脱离人自身去探寻外部世界，宗教中，却非常重视人自身的内心体验。片中对此有所探讨，当艾莉向帕默提问，你说上帝存在，证明给我看。帕默反问到，你爱你的父亲，证明给我看。艾莉所代表的讲证据的科学此时“愣住”了。而在最后的听证会上，艾莉的科学体验无法被证明，恰如帕默的宗教体验无法被证明。事实上，艾莉的摄影机足足拍摄了18个小时，只不过这成为了一个秘密连艾莉本人也不知道。宗教体验有着秘密般无法留下证据的内心经历存在。而科学精神也鼓励人们自己去探索。影片的最后，当孩子们向艾莉提问，艾莉并不直接告诉孩子们答案，而是鼓励孩子们积极寻找自己的答案。此外，宗教体验的本质是提高了人的觉知力。人是一种非常渺小的动物，视觉不如老鹰，听觉不如蝙蝠，嗅觉不如犬类，可以看到的颜色也非常有限，可是人的心却是很强大的。科学利用其他许许多多的工具提高了我们的认知能力，但那还不足以强大到我们认识整个宇宙，尚有许多工具等待我们去发现，也许有一天，就会有科学工具出现来印证宗教体验的存在。不过，由于科学重视外部，就忽略了我们认识宇宙的最强大的工具，那就是人自身，就是我们的心。艾莉从织女星回来后，她说:“它改变了我的一生，带给我丰富的收获，我的宇宙观全然改变了，我知道身为宇宙中的一份子，我并不孤独，我渴望分享，也希望世人都能了解，面对这浩瀚的宇宙，我们只能存有敬畏、谦卑、与盼望，我会将这分享的渴望，变成我心中永远的愿望。”帕默此时十分了解艾莉的内心，他说他相信她。实证，就是身体力行，既要包容又要怀疑，耳听为虚，眼见亦为虚。如果科学家是人云亦云，不会质疑权威，那么科学就不会有进步；如果马丁路德没有怀疑精神，宗教改革没有发生，那么宗教也不会有进步。历史上，科学大发展的同时也伴随着宗教大改革。
影片中存在两个反面的例子。炸飞船的宗教狂热分子（为此我还专门了解了基督教对于外星人的看法，生命是上帝从无生命物质中创造出来的。上帝按照自己模式所造的，一定程度上有和上帝相似创造力、道德观、良心、爱心等属性的活物，才有能力创造文明。因此，就算有外星文明，那他们一定也是上帝造的，不可能靠随机进化而来。上帝想造多少个文明，都轮不到我们管。所以基于科学理论的外星人研究却终将一无所获，还花了纳税人许多钱），缺乏包容的宗教关怀精神。追名逐利的实用主义科学家德伦姆林，仅仅是把科学家当做是一种职业，缺乏怀疑的科学探索精神。这两人随着飞船爆炸一起破灭了。此时再反观男女主角所呈现的科学与宗教相互认识的态度，即包容又怀疑，但最终的目标是一致的，就非常的好，这种态度是两者得以结合的基础。
总结，“宇宙的规律”就是科学家的上帝。科学家需要具有良好高尚的道德节操，和追求真理的求索精神。
题外话，影片对于外星人的行为描述是不合逻辑的，外星人给地球人发来图纸，还是经过复杂加密过的，造出机器让艾莉穿过层层空间，最后仅仅是在外太空虚构了一个场景，让她和他父亲见了一面？这不知所云。所以完全可以把影片“研究外星人”的主题抽象为一般的科学研究。而片子的重点也并不在于想象外星人是何种形式的存在，而在于讨论科学研究与宗教、经济、政治等人类社会因素的关系。经济问题由于神秘赞助人哈登的存在绝大程度上被回避了。同样的，国家安全局人员所担心的——与全世界科学家一同合作，会存在有国家隐瞒数据，借助外星人的力量增强自身国力甚至威胁到自身国家的可能（毕竟科学没有国界，但是科学家有国界）——这一国土安全问题，也在影片的进程中不知怎么地就不了了之了。听证会上政客积极甩锅，向人民证明自己真正为了税金着想，而从会场外面的拥护标语也可以看出艾莉的真诚也赢得了很多人的同情。所以主角的科学研究基本是在一个政治经济比较理想的条件下（每当编不下去就请神秘人物哈登帮忙）进行。影片一定程度上反映了现实生活中科研受到经济政治因素左右的情况，但没有深入探讨。